内視鏡検査を行って、胃腸の粘膜のようすを確認します。
具体的には、粘膜の一部を採取(生検)して細胞レベルで観察し、そこでクローン病に特徴的な細胞の変化が見つかれば診断が確定します。
最終的な診断は、症状の聞き取りや内視鏡検査以外の検査(血液検査や便培養検査、X線撮影やCT検査、MRI検査などの画像検査)の結果もふまえて、総合的に下される場合が多いです。