一般的にどのような薬を飲んで治療しますか？副作用はありますか？

炎症をおさえる5-ASA製剤という薬が、クローン病の薬物療法で中心的に用いられる薬です。
ただし、まれに耐性がある人もいて、効き目が出ないことや、逆に症状が悪くなってしまうことがあります。
炎症がひどいときには、5-ASA製剤とあわせて、短期的にステロイドを使用したり、免疫調整薬を併用したりします。
免疫調整薬は、ステロイドと違って継続的に飲みつづける薬になります。

なお、ステロイドや免疫調整薬の副作用として、体の抵抗力が落ちて感染症にかかりやすくなる、といったことがあります。
また、免疫調整薬は種類によって、肝臓や腎臓に負担をかけることがあります。