肩の付け根（首の付け根）がズキズキ痛むのはなぜですか？効果のある薬はありますか？

肩の付け根が痛む原因として多いものは、首の病気が考えられます。
首の病気では、肩の病気が原因の場合と異なり、肩を動かしてもあまり痛みが強まらないことや、肩の動きが制限されずに最後まで腕を上にあげることができる場合が多いです。
首の病気の代表例には以下のようなものがあります。

頚椎症

首のまわりにある骨や軟骨・靱帯などが年齢とともに変形することで神経が圧迫を受ける病気です。首や肩の付け根、肩甲骨、腕や手にしびれや痛みを感じます。
デスクワークが長い、立ち仕事が長い、上を向く作業が多いなどに当てはまる場合には、病気が進行しやすい場合があり注意が必要です。

頚椎椎間板ヘルニア

首の骨と骨の間にある椎間板とよばれるクッションが変形し、飛び出す形で首の神経を圧迫します。スポーツや重量物を扱う作業がきっかけとなって突然始まることもありますが、特に原因がないこともあります。発症初期には痛みの程度がかなり強いことがあります。
上記の病気については、痛み止めや筋肉の緊張をほぐす薬、ビタミン剤、神経の興奮を抑える薬などが用いられることが多いです。痛み止めについては、市販のものから試してみても良いでしょう。
頻度は高くありませんが、肩のつけ根が痛むときには他にも骨折や細菌感染症、腫瘍（腫れ物やしこり）などの場合があります。
痛みやしびれなどの症状が続く場合には整形外科を受診して原因をはっきりさせましょう。